Pada kondisi usus sehat penuh dengan bakteri baik yang melindungi usus dari serangan patogen. Sebaliknya, jika kondisi usus tidak sehat berkembang bakteri patogen.
Inflammatory Bowel Disease (IBD) adalah sekelompok penyakit yang menyerang saluran pencernaan dan ditandai oleh peradangan kronis di dalamnya. Dua bentuk utama dari IBD adalah penyakit Crohn dan kolitis ulserativa (ulcerative colitis). Kedua kondisi ini memiliki perbedaan dalam hal bagian saluran pencernaan yang terpengaruh dan ciri-ciri klinisnya, tetapi keduanya berhubungan dengan respons sistem kekebalan tubuh yang berlebihan terhadap jaringan usus.